Prezes PAA jako naczelny organ dozoru jądrowego swoje uprawnienia nadzorcze i kontrolne, dotyczące wykonywania działalności związanej z narażeniem na promieniowanie jonizujące, realizuje przy pomocy Głównego Inspektora Dozoru Jądrowego (Wiceprezesa Agencji) oraz inspektorów dozoru jądrowego.
Kontrole dozorowe w jednostkach prowadzących działalność w warunkach narażenia na promieniowanie jonizujące dokonywane są przez inspektorów dozoru jądrowego z Departamentu Bezpieczeństwa Jądrowego i Radiacyjnego (DBJiR), pod bezpośrednim nadzorem Prezesa PAA (obiekty jądrowe, obiekty prowadzące gospodarkę odpadami promieniotwórczymi) oraz z Departamentu Nadzoru Zastosowań Promieniowania Jonizującego (DNZPJ) pod nadzorem Głównego Inspektora Dozoru Jądrowego - Wiceprezesa PAA (pozostali użytkownicy źródeł promieniowania jonizującego).
wstępu o każdej porze do środków transportu i na teren jednostek organizacyjnych, w których są wytwarzane, stosowane, przechowywane, składowane lub transportowane materiały jądrowe, źródła promieniowania jonizującego, odpady promieniotwórcze lub wypalone paliwo jądrowe;
wglądu do dokumentów dotyczących bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej w kontrolowanej jednostce organizacyjnej;
sprawdzać czy działalność określona w art. 4 ust. 1 ustawy Prawo atomowe jest wykonywana zgodnie z przepisami dotyczącymi bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej oraz z wymaganiami i warunkami określonymi w zezwoleniach;
przeprowadzić, w zależności od potrzeb, niezależne pomiary techniczne i dozymetryczne;
żądać pisemnych lub ustnych informacji, jeżeli jest to niezbędne do wyjaśnienia sprawy.