W realizację zadań związanych z systemem bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej zaangażowane są głównie następujące departamenty Państwowej Agencji Atomistyki:

• Departament Bezpieczeństwa Jądrowego i Radiacyjnego wykonujący czynności związane z oceną i nadzorem stanu bjior w krajowych obiektach jądrowych oraz z wykonywaniem takiej oceny dla obiektów jądrowych poza granicami kraju i w innych, wymagających tego przypadkach, z wydawaniem zezwoleń dotyczących obiektów jądrowych, przeprowadzaniem kontroli w obiektach jądrowych i w zakładach zajmujących się postępowaniem z odpadami promieniotwórczymi, a także prowadzeniem centralnego rejestru dawek.

• Departament Nadzoru Zastosowań Promieniowania Jonizującego wykonujący czynności z zakresu wydawania zezwoleń na działalność związaną z narażeniem na promieniowanie jonizujące, z wyjątkiem działalności dotyczącej obiektów jądrowych, przyjmowaniem zgłoszeń takiej działalności oraz przeprowadzaniem kontroli w jednostkach organizacyjnych prowadzących taką działalność.

• Centrum ds. Zdarzeń Radiacyjnych CEZAR wykonujące czynności związane z analizą i oceną sytuacji radiacyjnej kraju w warunkach normalnych i w sytuacji zdarzeń radiacyjnych, udziałem w organizowaniu postępowania w przypadkach zdarzeń radiacyjnych oraz koordynacją działania stacji wczesnego wykrywania skażeń promieniotwórczych i placówek prowadzących pomiary skażeń promieniotwórczych.