Wraz z akcesją Polski do Unii Europejskiej weszła w życie znowelizowana ustawa Prawo atomowe oraz niektóre rozporządzenia Rady Ministrów niezbędne do uwzględnienia bezpośredniego obowiązywania postanowień Traktatu ustanawiającego Europejską Wspólnotę Energii Atomowej (Traktatu Euratom), a także rozporządzeń i decyzji Rady UE lub Komisji Europejskiej wydanych na mocy tego Traktatu, oraz do uściślenia transpozycji niektórych dyrektyw.
Po uzyskaniu członkostwa Polski w UE podjęto działania zmierzające do ratyfikacji trójstronnego Porozumienia o zabezpieczeniach między państwami członkowskimi, Wspólnotą Euratom i Międzynarodową Agencją Energii Atomowej, w związku z wykonywaniem postanowień artykułu III ustępów 1 i 4 Układu o Nierozprzestrzenianiu Broni Jądrowej (NPT) oraz Protokołu Dodatkowego do tego Porozumienia. Jednocześnie przygotowano projekt odpowiedniej nowelizacji ustawy Prawo atomowe, uwzględniającej fakt zatwierdzenia przez Radę UE nowego rozporządzenia Komisji w sprawie stosowania zabezpieczeń przyjętych przez Euratom (weszło ono w życie z dniem 20 marca 2005 r.) oraz niezbędnej dla transpozycji nowej dyrektywy 2003/122/EURATOM w sprawie kontroli wysokoaktywnych zamkniętych źródeł promieniotwórczych i źródeł porzuconych.
Przedstawiciele PAA uczestniczą w pracach Grupy Roboczej Rady UE ds. kwestii atomowych, m.in. nad projektami kilku rozporządzeń, dyrektyw i decyzji przedstawionych przez Komisję Europejską Radzie UE do akceptacji.
Zgodnie z postanowieniami ustawy z 11 marca 2004 r. o współpracy Rady Ministrów z Sejmem i Senatem w PAA przygotowywane są projekty stanowisk Rządu RPw odniesieniu do unijnych aktów prawnych w dziedzinach znajdujących się w kompetencji Prezesa PAA.
