Działalność Prezesa Państwowej Agencji Atomistyki (PAA), jako centralnego organu administracji rządowej właściwego w sprawach bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej, reguluje ustawa z dnia 29 listopada 2000 r. - Prawo atomowe (Dz. U. z 2004 r., Nr 161, poz.1689 i Nr 173, poz. 1808) oraz akty wykonawcze do tej ustawy. Ponadto zadania Prezesa Państwowej Agencji Atomistyki wynikają z wielu innych ustaw. Od dnia 1 stycznia 2002 r. nadzór nad Prezesem PAA sprawuje minister właściwy do spraw środowiska.

  Ministerstwo Środowiska (www.mos.gov.pl)

Prezes Państwowej Agencji Atomistyki wykonuje swoje zadania przy pomocy Państwowej Agencji Atomistyki, której organizację wewnętrzną określa statut nadany przez Ministra Środowiska zarządzeniem z dnia 15 lipca 2002 r. (M. P. Nr 33, poz. 519).